Genova városállam hatalma csúcsán van: megszilárdította uralmát a Ligur-tengeren, egyetlen vetélytársa maradt, Velence. Ám e szóra a különböző pártállású tanácsurak egy emberként horkannak fel. Boccanegra hiába próbálja megértetni velük, hogy csak összefogva lehet egy erős Itáliát létrehozni, ők csak annyit mondanak rá: „a mi hazánk Genova!” Olyan ez, mintha a Parlamentben valaki Európáról beszélne, de a képviselők erre annyit kiabálnának: Magyarország. Itália egyesítése 1300-ben még senkinek sem lehetett érdeke, maximum egy szegény előrelátó dózse álma. Még belső békéről sincs szó Genovában, a lázadások valószínűleg mindennaposak. Boccanegra, a szépbeszédű idealista, monológjai megfelelő nyugtatók lehetnek az állandóan felkorbácsolt kedélyekre. A dózse igazán egyik pártnak sem embere, a patríciusok nyilván sosem fogadták el vezérüknek, de érezhetően a plebejusokat sem zavarja alkalom adtán egy kis botrány.

Paolo bosszúból, hogy a dózse megtagadta tőle Amelia kezét, elraboltatta és a rejtélyes Lorenzóhoz vitette a lányt (aki közben Andreáék összeesküvő társa), ám a lány sem ártatlan szende szűzként viselkedett, Boccanegra nevével fenyegette meg az „uzsorást”, aki erre gyáván ajtót nyitott. A későn érkező Adorno azért biztos, ami biztos, leszúrja egykori harcostársát. Egy ilyen magánleszámolás elég ahhoz, hogy a parázs lángra gyúljon, és azonnal lincshangulat alakuljon ki. A tömeget a dózse szava némítja el, aki két ismeretlen szót kiabál: Béke! Szeretet! A szólamot tőle Amelia veszi át, akiről nem lehet eldönteni, hogy Simon jó leányaként, vagy okos politikusként folytatja a dallamot. Mintha most tanítaná az idős férfi a számára oly kedvessé vált lényt. Az együttesből Fiesco hangja is kiemelkedik, aki egész életén át ugyanazt szajkózza, azt elnyűtt frázist, hogy hogyan ülhet egy kalóz a trónon.

Simon rájön, ki állhatott Amelia elrablása mögött, de nem leplezi le mindenki előtt. Sokkal kegyetlenebb és ősibb módszerhez folyamodik: Paolo kancellárnak kell átkot mondania az ismeretlen rablóra, aki borzadva teljesíti kötelességét.

Adorno és Fiesco fogoly marad egy éjszakára, amíg az összeesküvés szálait felfedik. Paolo, aki természetesen bábja ellen fordult minden erejével, mérget tölt annak poharában, majd felhozatja a két rabot a dózse termébe és megpróbálja rávenni őket Boccanegra megölésére. Hiába közli Andreával, hogy tudja ki ő valójában, az öreg nem él a nemtelen bosszú lehetőségével. Nem így Gabriele, akinek a féltékenységét sikerül felpiszkálni azzal, hogy a kancellár elárulja, szerelme is a dózse palotájában tölti az éjszakát. A kétségbeesett fiú, akinek a nemes Simon meghagyta a kardját, azonnal ölne vele. Amelia döbbenten pillantja meg szerelmesét a legváratlanabb helyen, de annak vádaskodására sem árulja el, mit is keres a Boccanegra lakosztályában. Adorno számára érthetetlen, hogy a lány hogyan védheti eddigi ellenségét. Simon érkezése előtt sikerül elbújtatni az ifjút. Amelia elárulja a dózsénak kedvese nevét, aki úgy érzi, újabb próbatételt kapott a sorstól, ellensége lázongó gyermekét kellene vejeként szeretni. Amikor italát kihörpintve fáradtan álomba szenderül, a fiú nemtelenül ledöfné, de Amelia megakadályozza őt ebben. Az idős férfi hiába próbálja szembesíteni a vérgőzös ifjút tettével, az nem is érti, mért ne ölhetne meg egy alvó embert. Adorno csak akkor omlik össze, amikor Boccanegra elmondja neki, hogy kár aggódnia, a legféltettebb kincsét már így is elrabolta: a lányát. A guelfek nem hagyják megtorlatlanul vezetőik elfogását, zajlik az öldöklés Genova utcáin. A dózse kizavarja Adornót társai közé, de ő nem tud fegyvert emelni Boccanegra ellen. Ha segít leverni a lázadást, megkapja Amelia kezét, ígéri Simon.

Genova újra csendes. A felkelést Paolo szította, akit elfogtak és viszik a vesztőhelyre. Ekkor találkozik a szabadon engedett Andreával. Bevallja neki a dózse megmérgezését, de az aggastyántól nem dicséretet kap, épp ellenkezőleg: Fiescot évtizedek óta az éltette, hogy majd egyszer ő számolhat le imádott lánya meggyalázójával. Azzal, hogy Paolo megelőzte, élete is értelmetlenné válik, megvetően fordul el az orgyilkostól.  A nagy machinátor utolsó útja is keserves, ugyanis kísérőzeneként Amelia és Adorno esküvői éneke zeng. Fiescót már nem érdekli a menyegző, huszonöt hosszú éven át készült egy beszélgetésre, melynek most eljött az ideje. Boccanegra félig öntudatlanul kóvályogva jut ki a szabad levegőre. Megkönnyebbülten pillantja meg egyetlen valódi társát, a tengert. Szinte szerelmesen vesz tőle búcsút, a nagy víz az egyetlen, akivel mindent megoszthatott az ifjú hajós és az öreg uralkodó is. Ebben az intim percben lepi meg a múlt árnya: Fiesco. Prófétaként próbál ráijeszteni a meggyötört lélekre, ám amikor a dózse felismeri apósát, örömmel ölelné meg. A párbeszéd egészen másképp alakul, mint ahogy azt Fiesco tervezte… Rádöbben, hogy mindketten gyermeküket vesztett idős emberek, akiknek már semmit sem tartogat a sors, életcélja, a bosszú értelmetlen volt. Amikor Simon Ameliát nevezi meg leányaként, végképp összeroppan. Közeledik a nászmenet, a fiatalok bénultan figyelik Boccanegra haláltusáját. Szerencsétlen halálban is magányos férfi mi más tehetne, mint átadja a hatalmat, az egyetlen potentátnak, Adornónak. Verdi nem hagy kétséget afelől, hogy Genova felvirágzása nem most fog elkezdődni...